“为了希望工程和青基会的荣誉，我们只有豁出去了，就是刀山也要上，就是油锅也要下。”徐永光咨询了律师的意见后，对同事说：“我们打官司！把官司打到他们家门口去！”

徐永光没有想到，这个官司，一打竟然打了6年。

在法律制度上，香港实施的是“英美法系”，内地实行的是“大陆法系”。由于是异地诉讼，徐永光和青基会毫无经验，加上《壹周刊》试图私下和解，其律师运用合理的法律程序设置障碍。对方提出一个证据需求，原告方就要经过6道环节当面呈交。开庭时间就这样一拖再拖。直到2000年3月13日，此案才得以开庭。

徐永光作为原诉方的第一证人接受了对方律师整整一天半的盘问。在2000年4月出版的《中国青基会通讯》上，徐永光在《庭审归来谈感受》一文中说，有一处“很险”：

大律师让我看一份1993年的希望工程公告，其中一项“1993年11月30日，希望工程接受捐款1亿零400万”，问我“是正确的吗”？我回答“正确”。他反复问了几次，我心里开始发毛，心想后面一定有个炸弹，不知何时引爆。在继续盘问中，我突然想起来：审计报告1993年12月31日的捐款数为1亿零100万，就是说时间多了一个月，钱还少了300万，这是怎么回事？我很紧张，幸好下午的盘问时间到，没有引爆。我舒了一口气，赶紧回去查个究竟。原来在发布公告时，财务没有经验，把非希望工程的捐款也统计进去了；而审计时则审查每一笔捐款的内容，减去了非希望工程捐款。第二天，大律师追问我这“300万”问题时，我不仅把来龙去脉解释清楚，还变被动为主动，阐明自己的观点。

官司最终因铁的事实和律师、证人等的出色表现而获得胜利。2000年6月20日，法官判《壹周刊》诽谤罪名成立，并赔偿青基会350万港元。这是当时香港诽谤诉讼史上赔偿额最高的案件。

凯旋而归的徐永光没有因此而轻松，他曾给希望工程概括了“八大隐患”：没有纳入统一管理的募捐“体外循环”；借希望工程之名搞非法牟利的“假名营私”；不按管理规范办事、另搞一套的“体制磨擦”；法律、政策不完善带来的“制度风险”；实施机构自己的“管理疏误”；个别不负责任媒体的“中伤毁誉”；外界以偏概全的“失准评判”；道德风险导致的“自砸招牌”。

“这八大隐患像幽灵一样徘徊在希望工程的身边，每一个隐患的恶性发作都可能带来灭顶之灾。而另一方面，公众要求我们万无一失，这使得我们犹如在天堂和地狱之间走钢丝，每日如临深渊，如履薄冰，战战兢兢，惶惶不可终日。”

2002年，《南方周末》准备在3月21日的报纸上刊登记者采写的调查徐永光的报道。这篇调查列举了徐永光挪用超过一个亿的捐款草率投资、放在私人名下炒股、指示下属做假账、为青基会少数领导“谋取”第二套住房、在香港设有“秘密账户”等“十大罪状”。

然而，3月20日晚上，南方日报报业集团和南方周末报社通知全国十余印点停止印刷，撤换新版。

需要说明的是，这个调查中，没有徐永光本人的声音。

这次“舞弊报道”风波，又将徐永光推入“黑幕”。

时隔5年，徐永光对此事表现得十分坦然。“我想得很明白。南怀瑾先生早在十几年前就告诫我:‘永光，你要记住一句话，谤随名高。’做这么大的事情，承受这些算不了什么，心底无私天地宽嘛。”

实际上，此时对徐永光困扰最大的，不是此类“中伤毁誉”，而是民间组织的法律制度不完善所带来的“制度风险”。从1988年国务院《基金会管理办法》颁布实施直到2004年执行新的《基金会管理条例》，我国基金会一直处于“零成本”运作状态。《办法》规定“基金会工作人员的工资和办公费用，在基金利息等收入中开支”，这意味着基金会不能从捐款中列支工作成本。

“我们只能打捐款收支的时间差，去搞投资增值。”

从整体上看，青基会的投资是盈利而不是亏损的。审计结果表明，到2002年底，中国青基会的增值扣除亏损部分，净收益是7400多万。“正是这些纯收益，支撑了希望工程10多年的运行。世界上哪个非营利组织能够‘零成本’运行如此？”说到此，徐永光有些愤愤不平。